Según explica en su propia página, el Seminario Diocesano de Almería nació como Colegio Seminario Conciliar de San Indalecio el 16 de junio de 1610, en respuesta al imperativo de la vigésimo tercera sesión del Concilio de Trento, del 15 de julio de 1563.
Estamos ante una Institución que responde a la iniciativa conciliar de Trento, lo que le confiere el nombre de “conciliar” ya que responde a esa iniciativa del Concilio de Trento por la cual se imperaba la creación de seminarios para formación de los seminaristas.
Así, sin grandes ayudas económicas y con un futuro incierto, habiendo pasado la rebelión de los moriscos. El Obispo puso en marcha el Seminario con la ayuda de su propia Mesa episcopal, el Cabildo de Canónigos, la Universidad de Beneficiados, la Justicia, el Regimiento de la Ciudad y la Nobleza. No se construye con la intención de que sea lucrativo a la diócesis sino para formar a los futuros sacerdotes, convirtiéndose así desde ese momento en el corazón sacerdotal de la vida de la Iglesia de Almería.
Su primer emplazamiento fue en la Plaza de la Catedral, ubicación que mantendrá hasta que Mons. Alfonso Ródenas García, Obispo de la diócesis, decide la construcción del actual edificio del Seminario Diocesano, en terrenos delimitados por la carretera de Níjar (que habían sido adquiridos por el primer obispo de la diócesis tras la Guerra Civil con la intención de hacer ahí el seminario). El nuevo edificio fue inaugurado por el Obispo en 1953.
Desde 1953 se convierte, durante casi 30 años, en la única Institución que puede dar una formación superior en Almería, junto con la Escuela Superior de Magisterio. Ambas fueron prácticamente las únicas hasta que la provincia tuvo su propia Universidad.
Todo ello hace del seminario de Almería una institución que forma parte de la estructura cultural y que enhebra la idiosincrasia de la misma provincia. Siendo una institución respetada y querida desde todos los foros culturales, llegando mucho más allá del ámbito interno de la Iglesia.
En la actualidad, las comunidades del Seminario Mayor y del Seminario Menor convivían en el mismo edificio. Un edificio que desde 1953 nunca había afrontado reformas de importancia, salvo el mantenimiento y algunas pequeñas adaptaciones de las dependencias. Sumando el episcopado de Mons. Casares, que trasladó la comunidad a Granada, siendo los seminaristas alumnos de la facultad de los jesuitas en Cartuja y viviendo como comunidad en una casa que compró la diócesis para los seminaristas en la ciudad de Granada.
En el Seminario Mayor, se encuentra el Centro de Estudios Eclesiásticos, donde los seminaristas mayores se formaban para ser futuros presbíteros. Para constituir ese centro de estudios, durante varios años Mons. González Montes, procuró la reforma íntegra del edificio, como preparar el fondo bibliográfico, (siendo hoy la biblioteca del seminario de Almería la cuarta más importante de la Iglesia en Andalucía, junto con las de Loyola, Cartuja y Córdoba); además, procurar la formación de sacerdotes licenciados y doctores suficientes entre el mismo presbiterio de Almería para poder atender a las materias encomendadas, junto con seglares preparados. Conformando una entidad de relevancia en el ámbito cultural y eclesial, con una revista de publicación periódica del propio centro de estudios.
Los seminaristas menores realizaban sus estudios en el Colegio Diocesano San Ildefonso. Un colegio que nació también por la iniciativa de los obispos anteriores, que estuvo en el anterior edificio del seminario y hoy casa sacerdotal. Hoy en día, el colegio diocesano es bilingüe y de nueva planta, edificado en la parcela trasera del edificio del seminario. Colegio que cuenta con un equipo importante de docentes y con un alto nivel académico.
Toda esta obra se viene abajo desde la adquisición de las facultades plenipotenciarias del que era obispo coadjutor, Antonio Gómez Cantero, quien cierra, sin consultar a nadie, el seminario menor. Cesa sin dar ni una explicación al director de la entidad titular y al director pedagógico del Colegio diocesano, sin argumento alguno y de un día a otro, para nombrar director de la entidad titular y pedagógico, a otro docente, que no pertenecía al claustro de profesores del centro. Finalmente convoca el colegio de consultores para informar, porque avisa previamente que la decisión está tomada, del cierre del seminario mayor y su traslado a la diócesis de Cartagena.
La motivación explícita que da para esa actuación es una necesidad económica, bajo la premisa de que el seminario no es rentable. Es bueno recordar que el Concilio de Trento los impuso, no para que fueran rentables, sino para formar a los candidatos.
El actual obispo de Almería, omite dar a conocer una serie de operaciones económicas que ya estaban cerradas a su llegada a la diócesis que habrían producido un gran beneficio. Operaciones que se han paralizado y que le han llevado a Cantero a pedir dinero a la CEE. Ante esta situación, Gómez Cantero ha querido vender que solicita una auditoría pero la indicación de hacerla le llega desde la propia CEE, que no está dispuesta a darle ninguna ayuda mientras no haya claridad en las cuentas, un plan de viabilidad y una propuesta económica sería.
Voces del clero almeriense alertan de que Monseñor Gómez Cantero “ha quebrado el porvenir de las futuras vocaciones ya que él decía que había siete candidatos cuando en verdad a su llegada eran doce en la comunidad y dos candidatos en el propedéutico.
Por otra parte, al asegurar el nuevo obispo que lo alquilará por años, se preguntan estos mismos sacerdotes “¿por cuantos años? Porque él, salvo que pudiera pasar otra cosa, como mucho puede ser diez años Obispo de Almería. Si lo alquila por más hipotecaría la libertad del próximo obispo”.
Este año, entre esos siete seminaristas que se han disuelto entre la comunidad de Murcia, los dos primeros cursos están vacíos. Existe un rector titular que vive en Almería y que no es de hecho quien los forma, salvo en momentos puntuales que vienen a parroquias. Ante todo esto, el sentir general del clero es “de tristeza y miedo por la personalidad compleja de este Obispo”, aseguran estas fuentes a Infovaticana.