La falta de directrices claras por parte del Vaticano y el desconocimiento de la situación real en la que se encuentra la Fraternidad Sacerdotal San Pío X provoca que algunos obispos difundan comunicados arremetiendo contra la Fraternidad fundada por Marcel Lefebvre.
Quien se ha lanzado hace escasos días a lanzar avisos a los fieles sobre la Fraternidad San Pío X ha sido el arzobispado de Cusco, en Perú. A través de un breve comunicado difundido en su cuenta de Facebook, el arzobispado ha pedido a la feligresía «estar alertas y no dejarse sorprender por grupos seudo católicos que en estos últimos meses están convocando a misas en casas y sacramentos vía WhastApp».
La archidiócesis de Cusco señala concretamente a la Fraternidad Sacerdotal San Pío X y los mete en el mismo saco junto con los Carmelitas Descalzos de San José d la Iglesia Vetero Apostólica en América».
Afirmando que ambos grupos son los mismo -cuando realmente no tienen nada que ver ya que estos últimos no son católicos a diferencia de la FSSPX, el arzobispado de Cusco afirma que 2dichos grupos no están en comunión con la Iglesia católica ni con el Papa Francisco».
Aunque existe un cierto vacío legal sobre la situación canónica de la Fraternidad Sacerdotal San Pío X, hay declaraciones en estos últimos años del Papa Francisco afirmando que no son cismáticos. El último que habló sobre esto fue el difunto obispo suizo Vitus Hounder. En un vídeo difundido en abril del 2023 tras una audiencia con el Papa Francisco, aseguró que el Pontífice le dijo que la FSSPX no es cismática.