Mons. Javier Echevarría nació en Madrid el 14 de junio de 1932. Fue el menor de ocho hermanos. Hizo sus primeros estudios en San Sebastián, en el colegio de los padres marianistas, y continuó su formación en Madrid, en el colegio de los hermanos maristas.
En 1948, conoció a algunos jóvenes del Opus Dei en una residencia de estudiantes. El 8 de septiembre de ese mismo año, sintiéndose llamado por Dios a buscar la santidad en la vida ordinaria, pidió la admisión en el Opus Dei.
Comenzó los estudios de Derecho en la Universidad de Madrid y los continuó en Roma. Se doctoró en Derecho Canónico por la Pontificia Universidad de Santo Tomás (1953), y en Derecho Civil por la Pontificia Universidad Lateranense (1955).
Recibió la ordenación sacerdotal el 7 de agosto de 1955. Colaboró estrechamente con san Josemaría Escrivá de Balaguer, de quien fue secretario desde 1953 hasta su muerte, en 1975.
En 1975, cuando Álvaro del Portillo sucedió a san Josemaría, Mons. Javier Echevarría fue nombrado secretario general del Opus Dei y, en 1982, vicario general.
En 1994, tras el fallecimiento del beato Álvaro, fue elegido prelado del Opus Dei y, el 6 de enero de 1995, en la basílica de San Pedro, recibió de manos de san Juan Pablo II la ordenación episcopal.
Desde el principio de su ministerio como prelado, tuvo como prioridades la evangelización en los campos de la familia, la juventud y la cultura. Promovió el inicio estable de las actividades formativas de la prelatura en 16 países, entre otros, Rusia, Kazajistán, Sudáfrica, Indonesia y Sri Lanka, y viajó a los cinco continentes para impulsar la labor evangelizadora de los fieles y cooperadores del Opus Dei. Alentó la puesta en marcha de numerosas iniciativas a favor de inmigrantes, enfermos y marginados. Seguía con especial atención varios centros de cuidados paliativos para enfermos terminales.
En sus viajes de catequesis y en su ministerio pastoral, fueron temas recurrentes el amor a Jesucristo en la cruz, el amor fraterno, el servicio a los demás, la importancia de la gracia y de la palabra de Dios, la vida familiar y la unión con el Papa. Precisamente en su última carta pastoral, además de agradecer la audiencia que le había concedido Francisco el 7 de noviembre, pedía, como siempre, acompañar al Papa con oraciones por su persona e intenciones.
Escribió numerosas cartas pastorales y varios libros de espiritualidad, como Itinerarios de vida cristiana, Para servir a la Iglesia, Getsemaní, Eucaristía y vida cristiana, Vivir la Santa Misa y Creo, creemos. Su última obra es una recopilación de meditaciones sobre las obras de misericordia que lleva por título Misericordia y vida cotidiana.
Fue miembro de la Congregación para las Causas de los Santos y de la Signatura Apostólica. Participó en los sínodos de obispos de 2001, 2005 y 2012 y en los dedicados a América (1997) y Europa (1999).
Falleció en Roma el 12 de diciembre de 2016.