El arzobispo emérito de Los Ángeles cumple 80 años y no podría participar en un eventual cónclave. Su sucesor le prohibió toda presencia pública por haber encubierto abusos sexuales a niños. Dio la bienvenida al Papa Francisco insultando a Benedicto XVI. A pesar de la oposición de miles de católicos, Mahony participó activamente en el cónclave que elegiría al papa Francisco en Febrero de 2013, lo que para muchos suponía un insulto a las víctimas de abusos sexuales cometidas por Michael Baker, un sacerdote de Los Ángeles en los años 70 sobre menores y al que el cardenal Roger Mahony encubrió. El caso se cerró pocos días antes del cónclave con un acuerdo que comprometía a la diócesis de Los Ángeles a pagar a cuatro víctimas la friolera de 7 Millones y medio de Euros. Hay que recordar que en 2007 ya tuvieron que llegar a un acuerdo con más de 500 víctimas por valor de 600 milllones de Dólares. Poco después de la elección del papa Francisco puso un comentario en la red social Twitter en el que decía literalmente: “¡Hasta siempre armiño papal y encaje de fantasía, Bienvenidos simple sotana y, optimistamente, zapatos negros normales y corrientes. San Francisco debe estar rebosante de alegría!”.
El 31 de Enero de 2013 su sucesor al frente de la diócesis de Los Ángeles, José Gómez, miembro del Opus Dei, destituyó a Mahony de todos sus cargos en la diócesis, y le prohibió celebrar confirmaciones ni charlas públicas, aunque sí puede celebrar Misa.
Nacido el 27 de Febrero de 1936 en Hollywood, hijo de Víctor y Loretta Mahony. Tiene un hermano gemelo, Luis, y un hermano mayor, Neil. De niño asistió a St. Charles Borromeo School , escuela secundaria de North Hollywood, y a los 14 años, ingresó en Los Angeles College, el seminario menor de la Arquidiócesis de Los Angeles.
En 1962 fue ordenado sacerdote y trabajó como pastor en Fresno, California. En 1967 con 31 años fue nombrado capellán de Su Santidad y poco después llegó a ser canciller de la diócesis de Fresno.
En el año 1975, el papa Pablo VI, lo nombró Obispo titular de la Diocesis de Tamascani en Argelia y también fue nombrado Obispo Auxiliar de la Diocesis de Fresno, recibiendo el Sacramento del Orden el día 7 de junio a manos del obispo Mons. Aloysius Hugh Donohoe.
El día 16 de julio del año 1985, fue nombrado nuevo Arzobispo de la Arquidiócesis de Los Ángeles, sucediendo al anterior arzobispo Timothy Manning, y siendo el primer Arzobispo de la Arquidiócesis nacido en Los Ángeles. El balance de su episcopado se puede deducir de los datos sobre vocaciones en su seminario, que se redujeron drásticamente.
En el Terremoto de Northridge de 1994, la primera catedral de Los Ángeles (la Catedral de San Vibiana) quedo totalmente dañada, con lo cual Roger Mahony inició los planes para la construcción de la nueva catedral que pasó a ser Catedral de Nuestra Señora de los Ángeles, que es una de las mayores iglesias católicas en los Estados Unidos y cuyo proyecto ha despertado no pocos recelos, tanto por el diseño como por el desorbitado presupuesto.