Desde algunos medios de comunicación ha sido calificado como el representante del «lobby gay» dentro de la Iglesia católica a causa de su defensa a ultranza de la naturalidad de la homosexualidad. Raúl Vera, obispo de Saltillo, en México, ha destacado por sus polémicas declaraciones que le han hecho protagonizar titulares de la prensa como el siguiente:
«La gente piensa que el obispo no es católico». «Muchos en la Iglesia no quieren reconocer la verdad científica sobre el tema de la homosexualidad, se quieren quedar en que la homosexualidad es una forma de perversión humana, que es una enfermedad y eso ya no existe científicamente hablando», declaraba Vera en una entrevista que despertó la polémica en México. En esta misma entrevista, el prelado cuenta orgulloso cómo cuando una madre se le acercó para pedirle que rezara por su hijo homosexual, él le contestó:
«Pues condénate tú misma, porque tu hijo se formó así en tu vientre, y se formó con esa composición, y empezó a ser lo que es hoy desde el vientre». Vera critica además a los «homofóbicos» que tienen una enfermedad mental. «Ven al homosexual como un depravado, como un promiscuo, esto es estar malito de la cabeza», opina este prelado, que repitió esta idea en una entrevista concedida al diario El País: «Los que dicen que el homosexual es un enfermo, son los que están enfermos».
El propio Raúl Vera se define a sí mismo como «un obispo controvertido», que lucha por los derechos de los más pobres en México, pero que también ha echado constantes pulsos a Roma que han acabado con lo que algunos llaman su «destierro en Saltillo». Asimismo, Vera culpó de una de las llamadas de atención del Vaticano a la agencia de noticias de información religiosa Aciprensa, por difundir sus palabras de forma tergiversada.
El director de Aciprensa respondió en aquel momento asegurando que «no se distorsionó nada, sino que se publicaron las cosas tal como son, el problema es que el obispo de Saltillo apoyó, entre otras cosas, la aprobación de la ley de uniones civiles homosexuales». El obispo de Saltillo, en Coahuila, al norte del país, mantendrá una reunión privada con el Santo Padre durante su visita apostólica a México. Será una reunión de carácter semiprivado a la que tendrán acceso apenas una veintena de periodistas y otros tantos obispos, así como algunos invitados de la Conferencia Episcopal.